精子畸形率99.5%是可以治好的，但是比较困难。

根据世界卫生组织第五版标准，将精子形态正常参考值定为大于等于4%，也就是说畸形率的参考值要小于96%。99.5%的畸形率是比较严重的情况，会严重影响男性精子质量、严重影响受精能力和生育能力，可导致男性不育症。

治疗上：

1.应积极寻找病因，若为泌尿生殖及系统感染（如前列腺炎等）所致精子畸形，应积极治疗原发疾病，抗炎治疗；如果是因为男性的内分泌出现了异常，导致自己出现畸形精子，那么这个时候应该尽量的调整自身的内分泌功能。

2.改善不良生活习惯，禁烟酒，较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率显着增高。每日抽烟超过30支者，其畸形精子发生率更高;吸烟时间越长，畸形精子也越多。酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。此外，化学制剂、辐射、环境污染等因素，都可引发精子畸形。

3.男性如果不想进行长时间的调理治疗，那么可以使用裴尔科密度梯度离心法，对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，在进行人工授精。

以上治疗方法应在专业医师指导下进行